Am Rebstock können verschiedene Pilzarten die Erreger von zahlreichen Krankheiten sein, unter anderem von Anthraknose, Botrytis (Edelfäule, Graufäule), Esca, Eutypiose, Grünfäule, Echtem und Falschem Mehltau, Petri-Krankheit, Rosafäule, Rotem Brenner, Schwarzfäule, Schwarzflecken-Krankheit, Weißfäule und Welke. Sie werden zumeist durch verschiedene Fungizide bekämpft. Bestimmte Pilzarten sind jedoch durch den Abbau verwesender Stoffe im Boden sowie besserer Versorgung des Rebstocks mit Nährstoffen in symbiotischem Zusammenleben mit der Wirtspflanze auch für deren Gedeihen lebenswichtig (siehe dazu unter Mykorrhiza). Bei der Züchtung neuer Rebsorten ist es heute ein wichtiges und vorrangiges Zuchtziel, eine hohe Resistenz gegen verschiedene Pilzarten zu erreichen.
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