Die Bakterien sind zum größten Teil die Feinde des Weines. Doch eine Vielzahl von Bakterien kann sich auf Grund des Alkoholgehalts und der Fruchtsäuren, die im Wein enthalten sind, gar nicht im Wein ausbreiten. Gegen das Essigbakterium hat der Wein jedoch keinen natürlichen Schutz. Dieses Bakterium, das Alkohol in Essigsäure umwandeln kann, ist ein gefürchteter Feind des Weines. Dem Essigbakterium kann durch sauberes Arbeiten und das Fernhalten von Sauerstoff Einhalt geboten werden. Weitere für den Wein schädliche Bakterien sind die Säure zersetzenden und die Schleim bildenden Bakterien. Sie können nur durch ein sehr hohes Maß an Sauberkeit und Sorgfalt verhindert werden. Ein weiteres Bakterium baut Apfelsäure ab. Dieser Vorgang kann positive und auch negative Folgen haben. Diese Bakterien wandeln Apfelsäure unter Abspaltung von Kohlensäure in Milchsäure um. Dieser Vorgang wird als biologischer Säureabbau bezeichnet.