Die Apfelsäure hat ihren Namen, weil sie erstmals im Apfelsaft entdeckt und beschrieben wurde. Tatsächlich erhalten fast alle Obstsorten Apfelsäure, so auch Weintrauben.
Im Wein bildet Apfelsäure mit der Zitronensäure und der Weinsäure die wichtigsten Säuren, wobei ein niedriger Apfelsäurewert auf die Reife des Traubenmaterials hindeutet. Da der Apfelsäurewert von der Reife des Traubenmaterials abhängt, tritt diese vor allem in kühleren Jahrgängen mit ungünstigem Witterungsverlauf vermehrt auf. Weißweinen verleiht Apfelsäure zwar eine gewisse Frische, doch auch hier wird sie nur in moderaten Werten als positiv wahrgenommen. Denn Apfelsäure wird als aggressiv empfunden und Weine mit hohem Apfelsäurewert als kantig, unreif und hart. Die Weinsäure hingegen ist geschmeidig und weicher.
Um erhöhte Säurewerte abzupuffern kann die Apfelsäure im Keller durch den sogenannten biologischen Säureabbau bzw. durch die malolaktische Gärung mittels Milchbakterien in milde Milchsäure umgewandelt werden.